Đối tượng áp dụng gồm các cơ sở giáo dục đại học, cơ sở giáo dục nghề nghiệp công lập (gọi tắt là cơ sở giáo dục) được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt cho phép thực hiện thí điểm đổi mới cơ chế hoạt động theo Nghị quyết số 77/NQ-CP.
Thời gian thực hiện từ ngày 01/01/2016 cho đến hết thời gian thực hiện thí điểm đổi mới cơ chế hoạt động theo Nghị quyết số 77/NQ-CP.
Đối với các cơ sở giáo dục được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt cho phép thực hiện thí điểm đổi mới cơ chế hoạt động sau ngày 01/01/2016 thì thời gian thực hiện từ thời điểm được phê duyệt cho đến hết thời gian thực hiện thí điểm đổi mới cơ chế hoạt động theo Nghị quyết số 77/NQ-CP.
Về kinh phí ngân sách nhà nước cấp hỗ trợ các cơ sở giáo dục, Thông tư nêu rõ, các cơ sở giáo dục thực hiện kê khai, nộp thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định hiện hành của pháp luật về quản lý thuế đối với thu nhập từ các hoạt động dịch vụ, các lớp đào tạo ngắn hạn, thu nhập từ lãi tiền gửi ngân hàng.
Ngân sách nhà nước cấp kinh phí để hỗ trợ cho các cơ sở giáo dục tương ứng số thuế thu nhập doanh nghiệp đã thực nộp vào ngân sách nhà nước nêu trên.
Căn cứ số thuế thu nhập doanh nghiệp thực nộp này (số thuế đã được quyết toán năm trước có xác nhận của cơ quan thuế có thẩm quyền theo quy định của pháp luật về thuế), các cơ sở giáo dục báo cáo cơ quan chủ quản (các Bộ, cơ quan trung ương hoặc Ủy ban nhân dân cấp tỉnh) để tổng hợp chung gửi Bộ Tài chính hoặc báo cáo Bộ Tài chính (đối với các cơ sở giáo dục hoạt động theo mô hình không có cơ quan chủ quản) trước ngày 15/5 hàng năm đề nghị cấp kinh phí hỗ trợ cho các cơ sở giáo dục.
Về quản lý và sử dụng kinh phí ngân sách nhà nước cấp, Thông tư quy định, các cơ sở giáo dục sử dụng số kinh phí được ngân sách nhà nước cấp để bổ sung Quỹ đầu tư phát triển hoạt động sự nghiệp hoặc lập quỹ hỗ trợ sinh viên. Nội dung chi cụ thể, số tiền (số tuyệt đối hoặc tỷ lệ) sử dụng cho từng nội dung do các cơ sở giáo dục quyết định và quy định trong quy chế chi tiêu nội bộ, bảo đảm phù hợp với hoạt động thực tế của cơ sở, trong đó có chi đầu tư phát triển cơ sở: đầu tư xây dựng cơ sở vật chất, mua sắm trang thiết bị, phương tiện làm việc; phát triển năng lực hoạt động sự nghiệp; chi lập Quỹ hỗ trợ sinh viên, chi học bổng khuyến khích học tập và các hình thức học bổng, khen thưởng, hỗ trợ thường xuyên hoặc đột xuất khác theo quy định của cơ sở giáo dục; các khoản chi trực tiếp khác cho học sinh, sinh viên (nghiên cứu khoa học; các hoạt động phong trào, hoạt động ngoại khóa...) và các khoản chi khác để hỗ trợ học sinh, sinh viên.
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01/7/2017 và áp dụng kể từ kỳ tính thuế năm 2016.